Die Flensburger Kurzfilmtage fanden erstmals im Jahr 2001 statt. Erklärtes Ziel war es damals, die Bandbreite der Erscheinungsformen der Filmkunst sichtbar zu machen und ihre Anhängerschaft zu vergrößern. Das scheint gelungen, denn das Festival ist seit dem immer weiter gewachsen - im Hinblick auf Besucherzahlen, Festivaldauer, Anzahl der Filme und Programme - bei ungebrochenem qualitativem Anspruch.

Im Mittelpunkt der Flensburger Kurzfilmtage steht der Wettbewerb. Er wird ausgeschrieben für aktuelle Kurzfilme mit einer maximalen Länge von 30 Minuten aus dem deutschsprachigen Raum und Dänemark. Aus den Einsendungen werden Filme ausgewählt und in thematisch sortierte Wettbewerbsprogramme zusammengefasst.

Eine Jury entscheidet vor Ort über die Vergabe der Preise in den Kategorien Fiktion, Non-Fiktion, Animationsfilm und "Wagnis", die jeweils mit 1.000 EUR dotiert sind. Das Publikum bestimmt seine Lieblingsfilme im deutschen und dänischen Wettbewerb, für die jeweils ein Publikumspreis vergeben wird.